Die Elsflether Mühle wird erstmals 1584 im Mühlenheuer-Register erwähnt. Es handelte sich um eine Bockwindmühle die 1820 durch eine Galerieholländermühle ersetzt wurde. Die Mühle hatte noch keine Windrose, d.h. sie wurde noch nicht automatisch durch die kleinen Windräder an der Rückseite der Kappe in den Wind gestellt.
Die Elsflether Mühle war ein herrschaftliches Pachtstück. Der Müller mußte dem Oldenburgischen Grafen entsprechende Abgaben zahlen, bekam andererseits aber von seinen Mahlgästen den Mahllohn in Naturalien, das war das sogenannte "Mattkorn". Der Graf sicherte dem Inhaber die "Mühlengerechtigkeit", aber auch gleichzeitig einen festen Kundenkreis, zu. Das waren die sogenannten "Zwangsmahlgäste". Die Bewohner eines oder mehrerer Kirchenspiele mußten ihr Getreide in einer bestimmten Mühle mahlen lassen. Auch die Elsflether Mühle hatte Zwangsmahlgäste. Dieser Mühlenzwang wurde Mitte des 19. Jahrhunderts im Land Oldenburg durch die Einführung der Gewerbefreiheit aufgehoben.
Etwa im Jahr 1890 wurde die Mühle um einen Motor erweitert, denn in einem Nebengebäude wurde eine Dampfmühle eingerichtet. Damals waren die Eigentümer von Dampfmühlen so stolz auf die neue Errungenschaft - weil sie nunmehr nicht so windabhängig waren, sondern ihren Kundenkreis jederzeit bedienen konnten - daß sie bei der statistischen Erfassung in erster Linie die Motormühle angaben und nicht mehr die Windmühle.
Da die Windmühlen somit aber nicht mehr benötigt wurden, wurde die nötige Unterhaltung vernachlässigt. Und so verlor die Elsflether Mühle noch vor dem 1. Weltkrieg ihre Flügel. Heute fehlen der Mühle auch Galerie und Dach.
In der Mühle wurde über einen Zeitraum von etwa 50 Jahren bis Ende 2014 ein Restaurant betrieben. Seit mehr als 20 Jahren haben Gäste die Möglichkeit im angebauten Hotel zu übernachten.
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